El Sistema de Auditoría Interna, cumple con otorgar apoyo a la máxima autoridad del Servicio mediante una estrategia preventiva, proponiendo como producto de su acción, políticas, planes, programas y medidas de control para el fortalecimiento de la gestión y para el salvaguardo de los recursos que les han sido asignados. Las acciones de Auditoría Interna contribuyen al cumplimiento de la política y filosofía de la Gestión por Riesgos.
Hasta octubre del año 2008, la función de Auditoría Interna dependía de diversos departamentos y unidades. Posteriormente y con el fin de mantener criterios de objetividad e imparcialidad en los juicios del Auditor Interno, los que a su vez no puedan ser objetados por ningún funcionario si son consistentes y respaldados, el 14 de noviembre de 2008, a través de la Resolución Exenta N° 1924, se crea la Unidad de Auditoría Interna de la Superintendencia de Salud, la que prestará asesoría técnica especializada en materias de cumplimiento de políticas, control interno, gestión y gobierno reportando directamente al Superintendente de Salud, encontrándose bajo su dependencia directa.
El 29 de diciembre de 2011, mediante la Resolución Exenta N° 2057, se complementa la Resolución Exenta N°1924 del 14 de noviembre de 2008, de la Superintendencia de Salud, que creó la Unidad de Auditoría Interna de la Superintendencia de Salud y estable normas sobre la materia. Deroga la Resolución Exenta N°2199 del 30 de diciembre de 2008; la Resolución Exenta N°798 del 9 de junio de 2010 y la Resolución Exenta N°1879 del 29 de diciembre de 2010.
A la Auditoría Interna le corresponden entre otras funciones, verificar periódicamente el funcionamiento del sistema de control interno y la adecuación y efectividad de los procesos y procedimientos respectivos, mediante una permanente coordinación con todas las unidades de la Superintendencia.
Durante el período comprendido entre enero de 2005 y diciembre de 2011, la Unidad de Auditoría Interna ha efectuado auditorias para dar cumplimiento a los siguientes requerimientos: